Las dimensiones (largo y ancho) de los contenedores pueden ser muy variables, pero su profundidad en cambio no debe ser mayor de 10 - 12 cm, dado que en el sistema HHP no es necesario un espacio mayor para el desarrollo de las raíces de las plantas. Se exceptúan sólo dos casos:
- Cuando se requiere cultivar zanahorias, la profundidad del contenedor debe ser como mínimo de 20 centímetros.
- Para producir forraje hidropónico debe ser como máximo de 5 centímetros
En el caso de los demás cultivos, las dimensiones máximas recomendadas para estas cajas son las siguientes: largo 2,0 m., ancho 1,20 m. y profundidad 0,12 m.
Dimensiones superiores a éstas implican mayores costos en materiales (madera, plástico, sustrato) y mayores dificultades y riesgos en el manejo. Las dimensiones mínimas son muy variables, pues dependen de las disponibilidades de espacio, los materiales que se puedan conseguir a menor costo y de los objetivos de la huerta (aprendizaje, recreación, experimentación o producción para la venta).